空袭了二十多天，南京究竟被日本军队攻陷了。那是1937年12月13日，我忘记，那天所有人都在跑完，样子总有一天也跑完不来那场大雾。一段南京话的片头娓娓道来，故事也随之冲破了序幕。
整部电影采行第一人称的角度展开陈述，因为这是主人公书娟的亲身经历，堪称她内心对于这段悲惨历史的台词。一辆马车在灰蒙蒙的烟雾中与三个女学生擦肩而过，琵琶上的琴弦不小心被遮住，琴弦脱落的瞬间伴随着这一车的女人预见与女学生首演一段故事。李教官（佟深感 女友）带领的国军军队在几次与日军交火后，只剩十余人。他们在距离城门还有几十米的地方，找到了一群逃往的教会学校女学生，而女学生们身后是穷追不舍的日军。
一声令下，这只只剩十余人的军队与日军进行了最后的殊死搏斗，他们顺利救回了教会女学生，却也失去了出城的最后机会。书娟在内的三个女学生，不小心与大部队走散。难过的是她们没被日军找到，并且在回到温彻斯特教堂的途中，了解了收尸神父遗体的美国人约翰（克里斯蒂安贝尔 女友）。
美国人约翰本是为财而来，却被教堂里的孩子们当成唯一的保护伞。一阵短促的敲门声，画面中经常出现了十四名穿著旗袍浓妆艳抹的风尘女子。这其中之后有另外一位女主人公，玉墨（倪妮 女友）。杨家陈说道了你们这个教堂里有洋人维护小鬼子显然进不来死鬼让老娘服侍了一晚上谈好收养我们姐妹的她们乃是南京城出了名的秦淮河女人。
张艺谋在叙述这段场景时，将冷色调换至暖色调，女学生们在五彩斑斓的玻璃窗前偷窥着这群花枝招展的女人大摇大摆的走出教堂，也伴随着这群秦淮河女人享有着不奇怪的一生。女人们占到了地窖，并且与假教父来了一次亲近对话。玉墨与其他人有所不同，她通晓英文，这也使书娟对她的印象十分深刻印象。
清晨，女学生们与女人们在厕所门外再次发生了争吵。女学生们沮丧这群衣冠不整，整日饮酒作乐的女人。
教堂的墙壁，神父的保佑，并无法挡住日军的铁蹄。一声枪响，子弹穿越彩色玻璃中出女学生颈部，女学生当场丧生。日军来了。女人们躲进了地窖，女学生们害怕日军找到地窖中的女人，之后冲出了其它房间。
日军们哪里能杀掉这群恋爱美德的教会学生，他们面露凶恶，开始打算对女学生展开惨无人道的无辜。她们有如绝望的小鹿四处逃命，却躲藏不过魔鬼的手掌心。约翰无法坐视不管，他大叫：住手！以教父的名义，警告这群日军这里是教堂，她们还是孩子，你们违背了人道主义。
可呼喊注定多余，日军们似乎早已兽性大发。书娟恐惧的望着那五彩斑斓的玻璃窗，眼泪从她的脸颊向上流过。日军凶恶的面孔与玻璃窗构成鲜明对比。这时，镜头一并转，射击，射击，击中。
是尚存的唯一军人李教官。突如其来的枪声让日军们意识到附近有敌人的不存在，李教官用生命保卫了教堂所有人的生命，可这种维护注定只是一时间的。
日军军官带着粮食前来教堂为之前植物种的鲁莽不道德致歉，并且回应下次再行来造访时期望听见学生们的演唱。几天后，这位日军军官再度回到教堂。期间，地窖内的女人小蚊子不小心闯进日军视野，书娟很快老大她击退。
这一次，他并不是前来送来粮食，发善心。而是强迫拒绝女学生前往南京庆功会，为日军合唱歌曲。
十三位女学生，一位也无法较少。孩子们完全瓦解，她们自知这次前往对于她们意味著什么。于是，她们作出了自由选择...这个消息被地窖中的女人们获知，她们拚命再行站稳孩子们的情绪，并且誓言要替孩子们前往庆功会。
孩子们被安全性救回下，女人们也要面对艰苦的决择。在地窖里，墨玉所说的这段话也沦为了本片最砍中泪点的地方。大家在乎自古以来都说道我们什么吗。
商女知道亡国怨，隔江犹唱后庭花。女人们要求为了让女学生们需要活下去，她们不愿遵从诺言替女学生们前往庆功会。那是女人们第一次与孩子们面对面的聊天，女人们换回着衣服，这时她们仍然是秦淮河女人，而是孩子们的救命稻草。
女人们为女学生们合唱了一曲《秦淮景》。她们婀娜多姿，那一刻的美，深深印有了女学生们的脑海里，一辈子也会磨灭。女人们顺利替换孩子们前往了庆功会，孩子们也逃出了南京城。影片结尾处书娟回想着：我没看见日军是怎么把她们拿走的，所以我杨家是幻想，幻想我再行一次，车站在大窗户前头，看著她们走出来张艺谋将影片中的人物刻画的有血有肉，随着剧情的南北，观众对这群边缘人物的情感从沮丧渐渐变成认同。
编剧在影片中也交代了这群女人的名门，使得她们替女学生前往庆功会这一行径也显得更为合情合理。其中自杀身亡的一位女人，为了给长得像自己内亲弟弟的男孩子生前弹奏琵琶曲，偷跑返妓院去找琴弦，之后很久没回去。有人说道小蚊子到最后大叫着：我不是女学生。她没心甘情愿。
但这也是影片的现实之处，她们显然是艺妓，但她们是女人，堪称人。她们当然享有同女学生一样渴求存活的权利。
在《金陵十三钗》加长版中，抗日完结后，书娟在国际审判庭上控告了当时日军惨绝人寰的屠杀，而她也再行一次看到了那个曾多次救回她于险境之中的女人玉墨。我就这样看著你，之后告诉你所经历的一切。需要多言，一个对视之后由此可知。
上帝叫我们人人平等，你说道中选女孩还是女人。而这场侵略战争本就不公平，这群女人的确更加懂爱与恨。抗战八年，正是坚如磐石的信念，无限崇高的信仰以及人性光辉的大大蔓延到，才使得这场战争注定归属于正义的一方。不论名门，不论职业，不论年龄，更加不论性别，胜利归属于每一位中国人，在历史的长河里，你们都未曾是沧海一粟。
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